Polly kemudian membawa surat itu ke kamar Muchdi. Selang beberapa hari, Polly memberi tahu Budi Santoso, "Pak, saya mendapat tugas dari Pak Muchdi Purwopranjono untuk membunuh Munir."
Surat tersebut kemudian ditandatangani dan dimasukkan ke dalam amplop BIN bernomor R-451/VII/2004, yang kemudian diserahkan langsung oleh Polly kepada Indra Setiawan, Direktur Utama PT Garuda Indonesia Airways. Polly akhirnya ditugaskan sebagai staf keamanan perusahaan seperti yang diminta.
Selanjutnya Polly menelepon ponsel Munir yang diterima Suciwati untuk menanyakan kapan Munir akan berangkat. Suci menjawab bahwa suaminya akan berangkat Senin, 6 September 2004, dengan pesawat Garuda Boeing 747-400 nomor penerbangan GA-974.
Polly juga mengatur agar bisa ikut penerbangan sebagai extra crew. Polly seharusnya menjadi pilot utama untuk penerbangan ke Peking, Cina, dari 5 September hingga 9 September 2004.
Maka pada Senin malam, Polly berhasil menerbangkan pesawat bersama Munir yang berangkat dari Bandara Soekarno-Hatta. Pukul 23.32 WIB, setelah terbang sekitar 120 menit, pesawat mendarat di Bandara Changi Singapura.
Polly yang sudah lebih dulu bertemu dengan Munir membawa korban ke Coffee Bean melalui Gerbang 42. Munir menunggu Polly yang memesan dua minuman yang salah satunya sudah diberikan racun arsenik kepada korban. Munir menghabiskan minuman yang diberikan Polly.
Selanjutnya, Munir kembali ke pesawat untuk melanjutkan penerbangan. Sementara itu, Polly kembali ke Jakarta. Selasa sekitar pukul 10.47, Polly menghubungi Budi Santoso dan mengatakan: "Menemukan ikan besar di Singapura."
Sementara itu, Munir meninggal dua jam sebelum pesawat mendarat di atas langit Rumania di Bandara Schipol Amsterdam, Belanda. Berdasarkan hasil otopsi pihak berwenang Belanda, tubuh Munir mengandung 3,1 miligram racun arsenik. Ada proses pengadilan dalam kasus ini. Namun, tabir misteri tidak pernah terungkap dengan jelas.