Selain itu, ia juga mendirikan lembaga sendiri bernama KontraS, kependekan dari Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan. KontraS berdiri pada tahun 1998.
Lembaga ini secara khusus memberikan payung hukum terhadap kasus penghilangan paksa dan pelanggaran hukum yang saat itu marak terjadi di bawah kepemimpinan Presiden Soeharto.
Melalui KontraS, Munir banyak menangani kasus penculikan aktivis, penghilangan orang-orang yang melontarkan kritik terhadap pemerintah, mahasiswa yang mengalami kekerasan oleh aparat, dan kasus pelanggaran HAM lainnya.
Jabatan terakhir, Munir terpilih sebagai Direktur Eksekutif Lembaga Pemantau Hak Asasi Manusia di Imparsial, lembaga swadaya satu ini khusus mengawasi dan mengadvokasi berjalannya HAM secara benar di masyarakat.
Munir Said Thalib meninggal dunia pada tanggal 7 September 2004 pada umur 38 tahun. Ia menghembuskan nafas terakhir di dalam pesawat GA-974 menuju Amsterdam.
Kematian Munir Said Thalib terbukti akibat pembunuhan disengaja. Institut Forensik Belanda berhasil menemukan jejak adanya zat berbahaya di dalam tubuh munir yang mengakibatkan ia keracunan dan meninggal dunia.
Demikian profil lengkap Munir Said Thalib, aktivis HAM 1998 yang berakhir tragis. Meskipun raganya sudah tiada, sudah selayaknya semangatnya senantiasa kita warisi sampai kapanpun.***